Cuộc ly giáo phía Tây

Sự khống chế ngày càng tăng của các vua Pháp đối với Giáo hoàng đã đưa đến việc ngôi vị Giáo hoàng chuyển tới Avignon vào năm 1309.[78] Khi Giáo hoàng trở về Roma vào năm 1377, những mâu thuẫn đã dẫn tới sự xuất hiện của hai Giáo hoàng khác nhau ở Rome và Avignon, kết quả là Cuộc ly giáo phía Tây (1378-1417).[79] Pháp, Scotland và các nước về sau hợp nhất thành Tây Ban Nha cùng ủng hộ Giáo hoàng Avignon, trong khi Anh, Bồ Đào Nha, Scandinavia và hầu hết các lãnh chúa Đức ủng hộ Giáo hoàng Rome.[80]

Tại Hội nghị Constance do Quốc vương Sigismund (sau là Hoàng đế Đế chế La Mã thần thánh) chủ trì, ngôi vị Giáo hoàng một lần nữa được thống nhất và trả về Rome.[81] Mặc dù vậy nhưng cuộc ly giáo phía Tây đã để lại một số tổn hại đáng kể cho Giáo hội. Những đấu đá nội bộ đã làm yếu đi lời khẳng định vị thế đứng đầu Công giáo của họ và đưa đến những sự chống đối thuyết giáo quyền, mở đường cho các phong trào kháng cách.[82]

Các hoạt động cải cách

John Wycliffe

Mặc dù Giáo hội Công giáo đã từ lâu chống lại các tư tưởng không chính thống, trong giai đoạn cuối Trung Cổ này thì nó lại xuất hiện những đòi hỏi cho việc cải cách từ bên trong. Người đi tiên phong trong phong trào này là giáo sư Oxford John Wycliffe. Wycliffe cho rằng Kinh Thánh phải là tài liệu đáng tin cậy duy nhất cho những câu hỏi về tôn giáo. Ông chống lại những quan niệm về sự hóa thể, không lập gia đình, và sự xá tội.[83] Mặc dù có những nhà bảo trợ có thế lực nhưng phong trào này không tồn tại được lâu.[84]

Jan Hus

Hôn nhân của Richard II của Anh và Anne xứ Bohemia đã tạo ra mối liên hệ giữa hai quốc gia và đưa ý tưởng của những người Lollard (những người tin theo John Wycliffe) thâm nhập vào đây.[85] Những bài thuyết giảng của vị linh mục người Séc là Jan Hus được dựa trên nền tảng của Wycliffe, và những người tin theo ông ta (được gọi là những người Hussite) thì có tầm ảnh hưởng lớn hơn nhiều so với những người Lollard.[86] Vào năm 1414, Hus yêu cầu được xuất hiện tại Hội nghị Constance để bảo vệ lập trường của mình.[87] Khi ông bị hỏa thiêu vào năm 1415, sự việc này đã đưa đến những cuộc nổi dậy của người Hussite.[88]

Martin Luther

Mặc dù đúng ra là nằm ngoài thời Trung Cổ (về mặt thời gian), nhưng phong trào Kháng Cách của Martin Luther đã chính thức chấm dứt sự thống nhất của Giáo hội, một trong những đặc tính tiêu biểu của thời kỳ Trung Cổ.[89]

Martin Luther là một tu sĩ người Đức. Ông cho rằng việc bán phép giải tội (tiếng Anh: indulgence) của Giáo hội chẳng có ích lợi gì cho việc cứu rỗi linh hồn ngoài mục đích làm đầy túi các chức sắc của Giáo hội. Luther treo bản 95 luận đề lên nhà thờ ở Wittenberg vào ngày 31 tháng 10 năm 1517 để phản biện lại Giáo hội.[90] Ngay tức khắc các luận đề này được dịch từ tiếng Latinh sang tiếng Đức, được in ấn, và phổ biến. Đây là cuộc tranh luận đầu tiên trong lịch sử có sự hỗ trợ của máy in. Chỉ trong vòng hai tuần lễ chúng đã được phổ biến rộng rãi trên toàn nước Đức, và chỉ trong hai tháng chúng có mặt trên toàn lãnh thổ châu Âu.

Sau đó, Martin Luther bắt đầu bác bỏ quyền lực tuyệt đối của Giáo hoàng, còn Giáo hội quy ông là dị giáo. Theo Luther, con người có thể được cứu rỗi bởi niềm tin vào Thiên chúa mà không cần vai trò trung gian của giáo hội. Các tác phẩm của Martin Luther ngày càng được phổ biến rộng rãi hơn, lan truyền đến Pháp, Anh, và Ý và đã có nhiều sinh viên tìm đến Wittenberg để nghe các bài thuyết giảng của ông và Philipp Melanchthon. Tại Hội nghị Worms (1521), ông bị yêu cầu phải bác bỏ các ý tưởng của mình.[91] Khi từ chối, Martin Luther bị Hoàng đế Charles V của Đế chế La Mã thần thánh đặt ra ngoài vòng pháp luật.[92] Trong thời gian lẩn trốn, ông đã dịch Kinh Thánh sang tiếng Đức.[93] Tư tưởng của ông đã dẫn đến sự hình thành những trào lưu mới trong Công giáo, và bản dịch Kinh Thánh của ông còn là một đóng góp không nhỏ vào nền văn hóa Đức.[94]

Nhiều nhà cầm quyền thế tục xem phong trào Kháng Cách như là cơ hội để thoát khỏi những ràng buộc với Giáo hội và mở rộng sự thịnh vượng cũng như là tầm ảnh hưởng.[95] Giáo hội đáp trả bằng cách hoạt động chống kháng cách.[96] châu Âu bị chia thành phía Bắc theo Kháng Cách và phía Nam theo Giáo hội, điều này đã đưa tới những cuộc chiến tranh tôn giáo trong thế kỷ 16 và 17.[97]